La chiesa dedicata a S.Stefano Protomartire, la più grande delle chiese presenti sul territorio cittadino, é la sede dell´omonima parrocchia tradatese ed é anche quella con maggior estensione.
Si hanno poche notizie circa la sua fondazione, ma sembra ormai certo che l´edificio originario esistesse già agli inizi del 1300.
Nel 1570, al tempo della visita di S.Carlo Borromeo, Cardinale Arcivescovo di Milano, la chiesa risultava essere un edificio rettangolare a navata unica con alcune cappelle laterali, un campanile ed un sagrato accanto al quale sorgeva il cimitero.
Nel 1866 la chiesa venne elevata a Prepositurale e divenne sede di un vicariato; in questa occasione vennero decisi dei nuovi lavori di ristrutturazione ed ampliamento di cui fu incaricato l´architetto Terzaghi, lo stesso che aveva appena seguito anche parte dei lavori di ristrutturazione di Villa Sopranzi assieme al più noto Jappelli.
La chiesa di S.Stefano venne quindi ampliata, assunse la forma di una croce latina, venne allungata la navata ed aggiunto il transetto con la copertura a cupola; i lavori di decorazione interna risalgono, invece, alla fine del XIX secolo.
Da un punto di vista architettonico la chiesa non ha poi più subito variazioni, ad eccezione dell´aggiunta della Cappella di S.Agapito e del deambulatorio absidale realizzati nel 1960.
Sul finire del XX secolo l´intera struttura ha subito importanti interventi di ristrutturazione e restauro, sia delle parti decorative che delle facciate, oltre la completa sostituzione della pavimentazione. Inoltre, la porta d´ingresso principale e quella secondaria su via S.Stefano sono state dotati di pregevoli portoni in bronzo fuso raffiguranti scene della vita di S.Stefano.